Основні частини філософської системи Гегеля – логіка, філософія природи і філософія духу, до котрого безпосередньо примикають філософія права, філософія історії, естетика, філософія релігії, історія філософії.

Логіка, як це випливає з вихідного положення гегелівської філософії складає найважливішу частину його системи, оскільки тотожність мислення і буття означає, що закони мислення, котрими і займається логіка, суть справжніх законів буття: і природи, і людської історії і пізнання. До Гегеля логіка рахувалася наукою про суб`єктивні (людські) форми мислення. Не відкидаючи необхідності такої наукової дисципліни, тобто формальної логіки, як науки про елементарні форми і закони правильного мислення, Гегель ставить перед логічною наукою завдання досліджувати найбільш загальні закономірності розвитку пізнання.

Перш ніж говорити про систему логіки Гегеля, слід зупинитись на характеристиці ним діалектичного методу Гегель виділяє три сходинки діалектичного методу, які діють у розвитку як загальнолюдського, так і індивідуального мислення і проявляються у кожному конкретному пізнавальному аналізі, утворюючи при цьому потрійну єдність. Першою сходинкою “логічного” діалектичного методу, на думку Гегеля, є розсудок. Розумовий – це підлеглий, але необхідний бік діалектичного мислення. Другою сходинкою діалектичного методу у Гегеля є негативний розум як проміжний етап між розсудком та розумом. Третя сходинка – спекулятивний розум, якого не спроможне досягти мислення, спрямоване на кінцеві природні речі. Саме в цьому останньому вияві діалектика як метод, на думку Гегеля, досягає найвищої зрілості. Позиція Гегеля щодо розуму та розсудку значно відрізняється від кантівської. У нього розум є не нижчим, а вищим виявом мислення. Він вважає, що розум та розсудок мають складати єдину висхідну послідовність, де вони співвідносяться як провідний та підлеглий чинники, що взаємообумовлюються та проникають один в одного.

Завдання логіки, на думку Гегеля, полягає в аналізі наукового методу мислення, Він намагався показати, що походження багатоманітного з єдиного начала може бути предметом раціонального пізнання, знаряддям якого є логічне мислення, а основною формою – поняття. Тому логіка, збігається з наукою про речі, що осягаються думкою.

Змістовний підхід Гегеля до логіки дав йому змогу розглянути логічні форми в процесі їхнього розвитку від абстрактного до конкретного. Значним досягненням Гегеля було дослідження і виклад логіки як цілісної системи принципів та категорій. Ця система є відображенням процесу розвитку, що відбувається за певною схемою: твердження (теза), заперечення цього твердження (антитеза), та заперечення заперечення (синтез). Кожна наступна сходинка, на думку Гегеля, зберігає суттєві результати попереднього розвитку. Система логічних категорій Гегеля розпадається на три підгрупи відповідно до тріади: буття–сутність–поняття. Буття включає в себе категорії: якість, кількість, міра; сутність – видимість, тотожність, відмінність, суперечність, основа, явище, дійсність і т. д.

Гегель сформулював також основні принципи діалектики: принцип переходу кількісних змін у якісні і, навпаки, принцип тотожності протилежностей, принцип заперечення заперечення.

Аналізуючи поняття кількості та якості, Гегель показує, що зміни буття є не лише переходом однієї величини в іншу, а й переходом якісного в кількісне і, навпаки. Досліджуючи зростання якісності у кількісних категоріях, Гегель приходить до категорії міри, яка поєднує кількість та якість у єдність, синтезує їх у вищій єдності. Це відбувається таким чином: розвиток якості приводить до збільшення, зростання кількісних характеристик, які в свою чергу сприяють інтенсифікації якості. Але цей процес розвивається до певних меж, які визначаються категорією “міра”. Коли ці межі порушуються, відбувається стрибок, тобто розрив поступовості у розвитку. Завдяки стрибку виникає нова якість і відповідні їй кількісні визначення. Міра, на думку Гегеля, як синтез кількості є завершеним буттям.

Характеризуючи сутність як філософську категорію, Гегель підкреслює, що до неї відноситься як те, що відрізняє явища одне від одного, так і те, що їх об`єднує, що є в них тотожним. Рух від буття до сутності, що саморозвивається, а потім до поняття здійснюється через перехід від тотожності до суперечності, а потім до нової тотожності. Гегелівська категорія тотожності є діалектичною тотожністю як самототожність, яка містить у собі започаткований елемент відмінності. Відмінність є розвитком категорії тотожності, що вказує на взаємопов'язану невідповідність, внутрішню дисгармонію. На думку Гегеля, через пізнання відношення тотожності та відмінності виявляється суперечність, що лежить в їх основі. Сама суперечність, з точки зору Гегеля, є коренем будь-якого руху як саморуху, коренем життєвості, саме воно є всезагальним принципом саморозвитку.

Із вченням Гегеля про суперечність органічно пов'язане і його розуміння заперечення заперечення. Діалектичне заперечення (“зняття”) або перехід у інше як своє інше, є однією з найважливіших категорій логіки Гегеля. “Зняття” включає в себе три взаємодіючих моменти. Перший – власне заперечення, усунення, подолання. Другий – збереження того цінного, що було у заперечуваному. Третій – це “зняття”, перехід на більш зрілий рівень розвитку. Своє вчення про заперечення заперечення Гегель зображав у вигляді тріади: теза – антитеза (заперечення) – синтез (заперечення заперечення).

Гегель називає логіку вченням про сутність усіх речей. Тому в гегелівській “Науці логіки” крім звичайних для логіки питань і понять, суджень, умовиводів розглядаються такі питання, якими формальна логіка ніколи не займалася: питання про закономірності самої дійсності, про перетворення кількісних змін у якісні, про співвідношення філософських категорій і т. д.

Гегелівська постановка питання про діалектичну логіку носить ідеалістичний характер, оскільки Гегель ототожнює закони природи з законами логіки, мислення. Не можна погодитися з гегелівським розумінням об`єктивності форм мислення, але воно містить у собі глибоку догадку про те, що різноманітні форми мислення по самій своїй структурі аналогічні відношенням і процесам, що мали місце в об`єктивній дійсності.

Гегелівське вчення про діалектику мислення, про взаємозв`язок і рух понять побічно вказує на зміст і закономірності розвитку тих реальних матеріальних процесів, що усупереч вченню Гегеля існують незалежно від пізнання, від мислення. Звичайно, Гегель не міг “видумати” діалектику понять: її дійсним джерелом була реальна діалектика речей у природі і суспільстві.

Характеризуючи сутність як філософську категорію, Гегель вказує, що до неї варто віднести і те, що відрізняє явища одне від одного, і те, що однаково, тотожне в них. Але на противагу метафізиці Гегель підтверджує, що тотожність і розходження не існують окремо один від одного, а являють собою протилежні, один з одним пов'язані моменти сутності. Говорячи про тотожність ми маємо на увазі розходження, говорячи про розходження, припускаємо тотожність.

Гегель протиставляє метафізичному уявленню про абстрактний, що виключає розходження тотожності діалектичне уявлення про конкретну тотожність, що містить у собі розходження. Поняття абстрактної тотожності припускає існування незмінних, завжди однакових речей. Поняття конкретної тотожності, навпаки, вказує на те, що кожне явище змінюється, тобто не залишається самим собою, завжди однаковим, а переходить в інше, містить у собі це інше як протилежність, заперечення, зародок майбутнього.

Поняття включає в себе два моменти: по-перше, перехід від суб'єктивного поняття (судження, умовивід) до об`єктивного (механізм, хімізм); по-друге, перехід до ідеї (життя, пізнання, абсолютна ідея). Поняття, за Гегелем, знаходяться в безупинному русі, переходять, “переливаються” одне в одне, змінюються. розвиваються, перетворюються у свою протилежність, виявляючи внутрішньо властиві їм протиріччя, що і складають рушійну силу їхнього розвитку. Розвиток понять, йде від абстрактного до конкретного, від одностороннього, бідного змісту поняття до поняття, багатшого змістом, що охоплює в єдності різноманітні, навіть протилежні, сторони. Гегель показує, що кількісні зміни призводять до змін якісних, відбуваються шляхом стрибка, перерви безперервності.

Характеризуючи поняття, Гегель правильно відзначає, що воно не є тільки загальне. Загальне, взяте само по собі, має зв`язок з особливим, тобто з тим, що відрізняє одне явище від іншого, беззмістовно. У реальній дійсності, а отже й у понятті загального, особливе й одиничне також нероздільні, як тотожність і розходження в сутності явищ. Розкриваючи багатократність поняття, єдність різноманітних сторін у самій дійсності, Гегель дійде висновку, що істина лише остільки є істина, оскільки містить у собі в єдності різноманітні, у тому числі і протилежні, сторони реального. У цьому змісті Гегель підтверджує: абстрактної істини немає, істина завжди конкретна. Поняття як єдність загального, особливого й одиничного одержує своє необхідне вираження в різноманітних видах суджень і умовиводів, що зображуються Гегелем як виявлення і здійснення творчої сили властивої “поняттю” як внутрішній основі всіх тих процесів, що спостерігаються в природі і суспільстві на протязі історії.

Поняття в Гегеля – це процес теоретичного мислення, зведений в абсолют. Активність мислення і усієї свідомої, доцільної практичної діяльності людей, що перетворить світ, ідеалістично пояснюється Гегелем як творчість, самопізнання “абсолютної ідеї”, що виявляє в собі усе те, що безпосередньо, на поверхні виступають як розвиток природи і суспільства. Таким чином, признаючи розвиток і намагаючись дати його картину, Гегель зображує його як процес пізнання, що здійснюється в лоні “абсолютної ідеї”.

У своєму вченні про пізнання Гегель ставить також питання про відношення теоретичного пізнання до практичної діяльності, намагаючись розкрити єдність і взаємодію між теорією і практикою. Розвиваючи положення Канта і Фіхте про активність мислення, що пізнає, Гегель показує, що перетворення дійсності і пізнання її складають єдиний процес. У цьому відношенні Гегель йде далі матеріалістів XVII–XVIII ст., що розглядали процес пізнання поверхнево, тобто переважно як вплив предмета на суб`єкта, що пізнає, і відповідно сприйняття цього впливу суб`єктом.

Логічний процес розвитку завершується в Гегеля поняттям “абсолютної ідеї”, що спочатку “відчужує” своє буття, повідомляє йому напрям, у результаті якого буття стає змістовним. Потім вона виявляє себе як сутність, як поняття і, нарешті, завдяки розвитку поняття як “абсолютної ідеї”, що виступає як систематична, різноманітна єдність усіх сторін, логічних визначень, характеризує не тільки світ як ціле, але і його пізнання.