Новий метод може спіткати на своєму шляху чимало перешкод, адже людський розум перебуває в полоні хибних уявлень і забобонів, суб'єктивних суджень. Вони, наче примари відволікають його від істини, заважають бачити речі такими, якими вони є. Ф. Бекон застерігає дослідників від можливих помилок, прагнучи запобігти шкідливому впливові цих “примар” на його розум. Філософ висуває вимогу попереднього “очищення” розуму, бо в царстві людини, яке засноване на науці, можна увійти, як і в царство небесне, — лише чистим, наче дитя. Позитивному викладові вчення про метод у Ф.Бекона, таким чином, передує критична частина: його вчення про “примари” людського розуму.

За Ф. Беконом, існує чотири класи помилкови думок, або “примар”, властивих людському розумові: примари “Роду”, “Печери”, “Ринку, або Площі”, «Театру». До першого виду помилок, які Ф. Бекон умовно називає “примарами Роду”, належать такі, що закладені в самій природі людини. Вони пов'язані з її пізнавальними якостями. Наприклад, розум людини схильний убачати в речах більше порядку й однаковості, ніж е насправді. Розумові властива певна інерція, через яку він неохоче відступає перед фактами, котрі суперечать усталеним переконанням. Розум схильний відгукуватися радше на сильні ефекти, ніж на малопомітні явища, на нього більше впливає те, що вмить і раптово може його вразити. Людина віддає перевагу тому, що відповідає її власііим смакам і бажанням. Нарешті, розум за своєю природою прагне до абстрактного і плинне мислить як стале. Взагалі людський розум не може діяти ізольовано від інших здібностей людини. Ф. Бекон указує на його взаємозв'язок з емоціями, пристрастями, почуттями як на джерело можливих помилок. “Людський розум не є сухе світло, він містить домішок волі і пристрастей; звідси пішли науки, які можна було б назвати “як кому бажано”. Джерелом можливих помилок є і чуття людини. Ф. Бекон відзначає обмеженість людських почуттів, їхні зашкарублість і недосконалість, що заважають пізнанню.

“Примари Роду”, таким чином, створюють суб'єктивні перешкоди для пізнавальної діяльності людини. ВОНИ вроджені, тому позбутися їх практично неможливо. Проте усвідомлення небезпеки й дослідницька дисципліна можуть послабити їхній вплив.

“Примари Печери” зумовлені індивідуальними особливостями людини, її вихованням, звичками. Ф. Бекон використовує тут Платонівський символ — печеру, перебування в якій визначає напрям думок людини, особливості її індивідуальної психіки. Одні люди шанують, давнину, інші схиляються перед новим, одні мислять природу синтетично, інші — аналітичне, одні шукають у речах тільки відмінності, інші — лише те, що тотожне, в кожному випадку ці крайнощі викривлюють істину. “Примари Печери”, так само як і “примари Роду”, є проявом суб'єктивного ставлення людини до природи. Усвідомлюючи неминучість певного суб'єктивізму, Ф. Бекон закликає до стриманості. Врівноваженість і безсторонність — ось головна умова подолання примар “Роду” й “Печери”.

Набагато більшу небезпеку становлять “примари Площі”, які проникають у розум разом зі словами й іменами. Джерело цієї омани — спілкування людей, їхнє суспільне життя, і зумовлена вона неправильним слововживанням. Ф. Бекон цілком слушно підкреслює той факт, що мова, опосередковуючи відношення знання до дійсності, має відносну самостійність. Термінам, словам, за допомогою яких формулюються ці знання, притаманні певні значення, зміст яких часто й, відповідає природі речей, що перешкоджає пошукові істини. Це відбувається тому, що “слова, які загалом створені й застосовуються відповідно до здібностей натовпу, наслідують порядок речей, найбільш очевидний для вульгарного розуміння”.

Подолати цю перешкоду можна, точніше пояснюючії слова, але це робиться за допомогою інших слів і т. л. Стара схоластична наука, відірвана від чуттєвого досвіду, не може розірвати це зачароване коло. Ось чому “високі та урочисті дискусії вчених мужів часто закінчуються суперечками навколо слів та імен”. Вихід із цієї ситуації, на думку Ф.Бекона,один — треба дійти в науковому дослідженні до самих речей.

“Примари Театру” на відміну від інших «не є вродженими і не проникають у розум таємно, а відкрито передаються та сприймаються з вигаданих філософських систем». Вони виникають із засліплення хибними теоріями та упередженими гіпотезами. Філософські системи, з допомогою яких люди намагаються з'ясувати природу речей, здебільшого нагадують театральні вистави, які не мають нічого спільного з дійсністю. Ф. Бекон розрізняє три види хибних філософських систем, де причиною помилки є софістика, емпірика та забобони. До першого виду належить філософія Арістотеля, який своєю діалектикою зіпсував науку про природу. До другого — поверхові природничі теорії, побудовані на основі вузьких та плутаних дослідів. Однак найнебезпечнішими є філософські системи, у яких наука змішана з теологією та забобонами. До них Ф. Бекон зараховує всю ідеалістичну філософію, починаючи від Піфагора. Найтоншою, а отже найнебезпечнішою він уважає філософську школу Платона

Вчення Ф. Бекона про “примари” людською розуму містить дотепний і тонкий аналіз пізнавальної діяльності, її суб'єктивних аспектів, який не втратив свого значення й донині. Головним результатом його був висновок про необхідність вивчення природи, виходячи з неї самої. Звільняючи розум дослідників від хибного впливу всіляких авторитетів, філософських і релігійних вірувань та упереджень, Ф. Бекон наголошує, що джерелом істинного знання є сама природа, а формою безпосереднього зв'язку з нею — чуттєвий досвід.

За Ф. Беконом, існує два способи пізнання природи: її антиципація (пізнання що виходить із певних припущень, попередніх часто непевних понять) та її інтерпретація (поступове й методичне сходження від емпіричних фактів до теоретичних узагальнень). Саме з другим способом Ф. Бекон пов'язує можливість подолання хибних уявлень і прогрес науки. Надійним підґрунтям йому править чуттєвий досвід. Метод, про який веде. мову Ф. Бекон, має забезпечити достовірність пізнання шляхом експериментального дослідження природи та пов'язаної з ним логічної індукції.