1860 року Юркевич ознайомився з виданою у двох числах «Современника» статтею невідомого автора «Антропологічний принцип у філософії». Ця досить безладно написана й філософськи безпорадна праця навряд чи викликала б сама по собі велике зацікавлення у Юркевича, якби не примітивна форма матеріалізму, що обстоювалася у ній, не набувала в той час такого поширення серед російської інтелігенції та особливо серед молоді «базаровського» типу. Занепокоєність Юркевича цією обставиною спонукала його до того, щоб використати «Антропологічний принцип у філософії» як привід для ґрунтовної критики цього світогляду, тим паче, що хаотичне шарахання невідомого автора від однієї теми до іншої давало змогу філософові викласти свої погляди з досить широкого кола питань – від проблеми метафізики та гносеології до етики. Внаслідок цього з'явилася блискуча праця Юркевича «З науки про людський дух», у якій з академічною ґрунтовністю розкривалася вся немічність філософських побудов автора «Антропологічного принципу… », яким на горе київському професорові виявився апостол російської революційно-демократичної інтелігенції М. Чернишевський. Останній не забарився з відповіддю, й у своїх «Полемічних красотах», зізнаючись, що праці Юркевича навіть не читав, накинувся на «представника семінаристської філософії» з образами і лайкою. [8, ст. VI]

З цього моменту життя Юркевича було буквально отруєне безнастанною лайкою на його адресу зі сторінок «демократичної» преси. Він намагався продовжити полеміку, надрукувавши «Матеріалізм та завдання філософії», та дарма! У наукову полеміку з ним ніхто і не збирався входити. Це може видатись чимось неймовірним, але до самої смерті жодного змістовного аргументу з боку своїх критиків він так і не почув. З самого переїзду до Москви Юркевич живе, перебуваючи в якомусь дивному стані: з одного боку, він – людина, з ім'ям якої в освічених колах Москви пов'язують повернення самої філософії до життя; він виступає з публічними лекціями, що проходять з успіхом не меншим, ніж його університетські лекції. З іншого боку – жоден його виступ, чи письмовий чи усний, не лишається без уїдливих;, здебільшого просто образливих коментарів його опонентів з «прогресивного» табору. Для людини, знайомої з творами Юркевича, просто незбагненним видається те, у чому звинувачували його критики. Паплюженню піддавалося все: і його праця у духовній академії, і його українське походження та все, що тільки можна собі уявити. На превеликий жаль, у цій кампанії з успіхом відзначилися і М. Антонович, і М. Салтиков-Щедрін, і Д. Писарев.

В чому ж суть філософії Чернишевського? У найзагальнішому вигляді вона зводиться до наступного. Наполягаючи на принциповій тотожності філософії та природознавства, Чернишевський рбстоює ідею, що принципом філософського погляду на людське життя служить вироблена природничими науками ідея єдності людського організму. А це значило, що «на людину слід дивитися як на єдину істоту, яка має тільки одну натуру». Саме в такий спосіб він намагається провести моністичний погляд на людину, подолати дуалізм духовного й тілесного, довести, що явища «матеріального порядку» при всій їх відмінності не суперечать одне одному.

Антропологічному елементові відводиться вирішальна роль у визначенні всіх спонукальних мотивів людської поведінки. Чернишевський вводить у свою філософію поняття «розумного розрахунку» як джерела моральної поведінки і далі через визначення тотожності за змістом понять «добро» і «розумність» формулює принцип «розумного егоїзму». Він прагнув перетворити етику в таку ж точну науку, як і природознавство, і наполягав на необхідності аналізу моральних категорій у дусі природничих наук. Іншими словами, він намагався пояснити світ моральних явищ виключно в раціональний спосіб, не залишаючи нічого такого, що б пройшло повз увагу розуму і не було ним пояснено.

П. Юркевич толерантно і виважено вказав, що ряд тверджень згаданої праці М. Чернишевського (спроби вивести психічне з фізіологічного, ототожнення людини й тварини, витоків формування морального і духовного життя людини, розгляд людини як родової істоти) далекі від істини.

Юркевич виступає проти спроби Чернишевського ототожнити розумність вчинку з його моральністю і доводить, що при виборі напряму дій єдино прийнятним для людини є не критерій розумності, а критерій справедливості і любові. Справді, розум, може повелівати, але тільки в гому випадку, коли він має перед собою не мертвеця, а живу й одухотворену людину і коли його настанови і повелівання зняті з натури цієї людини, а не нав'язуються їй як щось чуже. Більше того, самі поняття «егоїзм» і «розумність» важко поєднати, бо уже людське знання виходить за межі егоїзму й утилітаризму. Людина знаходить задоволення в знанні як такому, в перебудові свого світу суб'єктивних уявлень згідно з ідеєю істини. Подібно до того як у своєму пізнанні людина розвивається під дією істини, так і в своїх вчинках вона розвивається під ідеєю добра. І в першому, і в другому випадках вона здатна на жертву, але заради істини і добра, а не особистої користі.

Запропонована Чернишевським концепція моралі виключала, по суті, із моральної діяльності людини її «Я». Юркевич же доводить, що саме наше «Я» і є джерелом моральної діяльності; воно завжди буде присутнє там, де є наша моральна чи аморальна діяльність. Моральність – це не набір правил поведінки, а ціле життя в усій його різноманітності. Коли ж Чернишевський перетворював усі людські вчинки в егоїстичні, то душа уявлялася йому у вигляді струни, яка в один час і від одного зовнішнього поштовху може відтворювати лише один-єдиний тон. Юркевич же наполягає на тому, що мають бути різні тони, які даватимуть цілісний акорд. «Ми навіть не можемо уявити в людині такого морального порядку, – підкреслює він, – в якому можна було б бачити, наприклад, голу справедливість, що тримається на самій собі, або лише виконання абстрактного обов'язку і який не мав би ще іншого особливого змісту і не являв би для нас ще й інших різноманітних інтересів». [З, ст. 105 Людина не є машина, що приводиться в рух якимось моральним механізмом; вона не байдужа до того, що саме виробляється цим рухом. Інакше вона не відрізнялася б від тварин. Визнавши ж за людиною лише тваринну здатність діяти за егоїстичними мотивами, Чернишевський відмовив їй у будь-яких засобах і умовах, за яких вона могла б розвинутися в моральну особистість.

Якщо тварина, зауважував Юркерич, постає екземпляром природи, в якій живе рід, порода, де дух не проявляє своєї особистості, то людина постає особистістю. Зумовлюється це тим, що люди домагаються мети, знаходять своє задоволення в предметах і діях, які різняться між собою як чеснота й вада, добро і зло. Людський дух не є родовим, “він особистісний, тому що не зв'язаний нездоланними спокусами, вільний у своїх проявах. Тварини всі «доходять до одного пункту і далі не просовуються». Люди ж мають свої ідеї, завдяки яким здатні до індивідуального розвитку, до вільного обрання й постановки цілей життєдіяльності. Як богоподібна істота людина розвивається під впливом моральних ідей, а не лише самих фізичних спонукань.

Вважаючи, що всяке споглядання, взяте в своїй безпосередності, є вже фактом науки, він не знайшов принципової різниці між життєдіяльністю людини й тварини, визнав за душею людини лише тваринну здатність діяти за егоїстичними мотивами, а це вело до заперечення в людині всякої моральної натури, а в моральній філософії – будь-яких абсолютних цінностей.

Природно, що для Юркевича як релігійного мислителя концепція людини була центральною й головною. Спростовуючи матеріалістичні погляди, філософ розробляє оригінальний «психологічний варіант» релігійної антропології в дусі християнського платонізму, побудований на ідеях «філософії серця», вирішальної ролі духовних засад у розвитку людського єства. Він відкидає претензії антропологічного матеріалізму створити просту й вичерпну концепцію людини, заміщуючи філософське розуміння проблеми природничо-науковим. Роздуми Юркевича зосереджені головним чином навколо ставлення конкретної людини до ідеалів «вищого», «святого», «вічного», що стоять поза межами емпірично даного світу й виявляються у внутрішньому духовному досвіді людини, в потаємних глибинах її серця – саме таке переконання стає центральним пунктом антропології Юркевича.

Як бачимо, Юркевич досить переконливо довів безпідставність спроб антропологічного матеріалізму замінити філософське пояснення людини природничо-науковим. Відмовляючись від метафізичних припущень про сутність світу, природознавство ніколи не зможе претендувати на всеохоплююче вивчення духовних явищ. Юркевич зумів розкрити глибинний смисл намагань пояснити всі явища людської життєдіяльності за допомогою механічних законів. Антропологічний матеріалізм намагався внести в сферу духовного життя прозаїчну розсудливість. Коли б ця спроба виявилася успішною, то були б знайдені важелі для примусового керування долями людей. Саме до цього, власне, і прагнув антропологічний матеріалізм, у чому й полягала його небезпека і для конкретної людини, і для суспільства в цілому. В межах світогляду, побудованому на подібних філософських засадах, людина перетворювалась із мети в засіб для досягнення певних соціально-політичних цілей. Юркевич не погоджується і з відомим висновком про можливість повного, вичерпного пізнання людського єства, перш за все природи внутрішніх моральних та релігійних переживань людини, загадкових явищ її психіки та підсвідомості. Мислитель заперечує виключно раціоналістичний дух матеріалістичної антропології, визнання розумової діяльності найсуттєвішим та вирішальним чинником духовності людини. Юркевич звертає увагу на можливість антигуманного тлумачення раціоналістичного вчення про людину: в межах такого підходу індивідуальність та особистість втрачають свою цінність. Прагнення послідовно «розкласти» духовне життя людини та вивести загальні закономірності його функціонування веде, врешті-решт, до оцінки людини як пасивного продукту зовнішніх умов та обставин. На противагу цій точці зору Юркевич захищає розуміння людського духу як чинника вільного, який сам знаходить вище духовне законодавство для пізнання та діяльності; розглядає духовне життя людини як здатне до самовизначення, а не обмежене визначеністю ззовні.